自治政府成立后，积极发动群众搞好生产，参军支前，建立回民武装，协助部队剿匪，维护治安，有力地支援了红军。1936年11月中旬，红军撤离豫海地区，胡宗南和马鸿逵的部队进占该地区，大肆搜捕和残杀自治政府的干部和工作人员。1937年2月，马和福同志被捕，4月惨遭杀害，自治政府的活动遂告结束。豫海回民自治政府虽然只存在了半年时间，但它是党用民族区域自治制度解决我国民族问题的一次有益尝试。